Будівля річкового вокзалу розташоване на правому березі річки Десни на території Деснянського району Чернігова.
З будівництвом річкового вокзалу пов'язана скандальна ситуація : будівля річкового вокзалу було побудовано в радянські роки на місці недослідженого фундаменту будинку або церкви XII століття.Фундамент забудували , не пустивши туди археологів, а шар грунту , насичений археологічним матеріалом , викинули в Десну.
.